被元军击败，北伐功败垂成。尽管如此，东路军仍控制了山东大部分地区，成为红巾军在北方的重要据点。
中路军的北伐则充满了悲壮色彩。他们穿越太行山，进入山西，后又转战河北、内蒙古，甚至一度攻占了上都（今内蒙古正蓝旗），烧毁了元廷的宫殿。这支军队远离后方，在蒙古草原上与元军周旋，最终因粮草耗尽，于至正二十年（1360年）覆灭。西路军在陕西遭遇元军及地方武装的顽强抵抗，后辗转进入四川、甘肃，最终被打散。
三路北伐虽然未能推翻元王朝，但极大地动摇了其统治基础，消耗了元军的主力，为南方红巾军及其他反元势力的发展创造了有利条件。此时的刘福通，控制着河南、安徽、山东的大片地区，成为元末农民起义中势力最强的领袖。他在汴梁修建宫殿，将宋政权的都城迁到这里，红巾军的发展达到了巅峰。
然而，盛极而衰的阴影已悄然降临。红巾军内部的矛盾与分裂，成为了其走向衰落的重要原因。宋政权建立后，刘福通虽为实际掌权者，但内部派系林立，各将领拥兵自重，互不统属。东路军将领毛贵被杀后，其部将互相攻伐，山东根据地陷入混乱；中路军与西路军也因缺乏统一指挥，各自为战，最终被元军各个击破。
南方红巾军的分裂则更为严重。天完政权建立后，徐寿辉虽然名义上是皇帝，但实权掌握在丞相倪文俊手中。至正十七年（1357年），倪文俊企图谋杀徐寿辉自立，失败后逃往黄州，被部将陈友谅杀死。陈友谅接管了倪文俊的军队，势力逐渐壮大，最终于至正二十年（1360年）杀死徐寿辉，自立为帝，建国号“汉”。陈友谅的背叛，导致南方红巾军分裂为汉政权与以明玉珍为首的夏政权（割据四川），严重削弱了反元力量。
与此同时，其他反元势力也开始互相攻伐。张士诚的大周政权在占领苏州后，逐渐腐化，“士诚兄弟骄奢淫逸，不理政事”，甚至向元廷投降，与红巾军为敌。方国珍则采取投机态度，时而降元，时而反元，割据一方。红巾军与各路义军从最初的联合反元，逐渐演变为争夺地盘的混战，这为元军的反扑提供了可乘之机。
至正十九年（1359年），元军将领察罕帖木儿率领精锐部队进攻汴梁，刘福通率军顽强抵抗，但最终因寡不敌众，被迫放弃汴梁，保护韩林儿逃往安丰（今安徽寿县）。此后，北方红巾军一蹶不振，刘福通于至正二十三年（1363年）在安丰被张士诚部将杀死，宋政权覆灭。曾经轰轰烈烈的红巾军起义，陷入了低潮。
四、历史回响：反抗精神的传承与启示
红巾军起义虽然最终失败，但其在中国历史上的意义却极为深远。这场历时十余年的农民战争，沉重打击了元王朝的统治，加速了其灭亡。元廷经此重创，元气大伤，再也无力控制全国局势，为后来朱元璋建立明朝铺平了道路。从某种意义上说，红巾军起义是“元末群雄逐鹿”的开端，而朱元璋正是在红巾军的基础上，最终完成了推翻元朝、统一全国的大业。
红巾军起义在思想与组织上，也为后世的农民起义提供了借鉴。他们利用宗教（白莲教）发动民众，提出明确的政治口号（“复宋”“杀尽鞑子”），建立政权，进行大规模的军事行动，这些都成为了中国古代农民起义的典型模式。后来的明末李自成起义、太平天国运动，都能看到红巾军起义的影子——例如，太平天国同样以宗教（拜上帝教）为纽带，提出“均田免赋”的口号，与红巾军的“开仓放粮”有着相似的诉求。
更为重要的是，红巾军起义所彰显的反抗暴政、追求平等的精神，成为了中华民族精神宝库中的重要组成部分。在元廷的残酷压迫下，无数底层百姓挺身而出，用简陋的武器与强大的统治者抗争，他们的勇气与牺牲，诠释了“民为邦本，本固邦宁”的深刻内涵。正如明末思想家黄宗羲在《明夷